เขาแหลมหญ้า
อยู่เลยบ้านก้นอ่าวไปเล็กน้อยตามเส้นทางไปบ้านเพ มีลักษณะเป็นเขาดินลูกรังเตี้ยๆ มีเนื้อที่ประมาณ 1 ตารางกิโลเมตร มีบางส่วนเป็นแหลมยื่นออกไปในทะเล มีชายหาดเป็นอ่าวเล็กๆที่มีบรรยากาศเงียบสงบ ด้านทิศตะวันตกเป็นหาดทรายกว้างและยาว เป็นที่ตั้งของที่ทำการอุทยานฯ
--------------------------------------------------------------------------------
เกาะเสม็ด
ตั้งอยู่ในเขตตำบลเพ อำเภอเมือง อยู่ห่างจากชายฝั่งบ้านเพประมาณ 6.5 กิโลเมตร มีเนื้อที่ประมาณ 5 ตารางกิโลเมตร ลักษณะเป็นเกาะรูปสามเหลี่ยม สภาพเกาะมีสันเขาเป็นแกนยาวจากตัวเกาะด้านเหนือมาทางใต้ ฝั่งตะวันตกของเกาะเป็นหน้าผาสูงชันและลาดชันลงสู่ฝั่งตะวันออกที่มีชายหาดเว้าแหว่ง ทำให้เกิดหาดที่สวยงามหลายแห่ง ซึ่งส่วนใหญ่จะอยู่ทางด้านเหนือและตะวันออกของเกาะ บริเวณปลายแหลมด้านใต้มีเกาะเล็กๆอยู่ใกล้ๆ 3 เกาะคือ เกาะจันทร์ เกาะสันฉลาม และเกาะหินขาว ซึ่งเป็นหินล้วนไม่มีต้นไม้ เป็นที่อาศัยและวางไข่ของนกนางนวล อาจเป็นเพราะที่เกาะเสม็ดนี้มีหาดทรายขาวอยู่ทั่วไป จึงได้รับการขนานนามในกวีนิพนธ์ของสุนทรภู่ว่า เกาะแก้วพิศดาร ดังที่ปรากฏในวรรณคดีไทยเรื่อง พระอภัยมณี และเหตุที่ชื่อว่าเกาะเสม็ดก็เพราะมีต้นเสม็ดขาวและเสม็ดแดงขึ้นอยู่มาก ชาวบ้านนำมาใช้เป็นไต้จุดไฟ สถานที่ท่องเที่ยวบนเกาะเสม็ดมีอยู่หลายแห่งประกอบด้วยอ่าวและหาดทรายสวยงามมากมาย ได้แก่
--------------------------------------------------------------------------------
เกาะกุฎี
เป็นเกาะหนึ่งในวรรณกรรมของสุนทรภู่ อยู่ทางทิศตะวันออกของเกาะเสม็ด ห่างจากฝั่งประมาณ 6 กิโลเมตร มีเนื้อที่ประมาณ 100 ไร่ และมีเกาะขนาดเล็กเป็นบริวาร 2 เกาะ คือ เกาะท้ายค้างคาว และเกาะถ้ำฤาษี เกาะกุฎีเป็นที่ตั้งของหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ มีธรรมชาติที่เงียบสงบ หาดทรายสวยงาม รอบๆเกาะมีแนวปะการังตลอดชายฝั่งเหมาะแก่การดำน้ำ
--------------------------------------------------------------------------------
เกาะกรวย เกาะขาม และเกาะปลาตีน
เป็นเกาะที่อยู่ทางตอนเหนือของเกาะกุฎี เป็นเกาะที่มีธรรมชาติสวยงาม มีแนวหาดทราย เฉพาะที่เกาะขามและเกาะปลาตีน สภาพใต้ทะเลโดยรอบมีแนวปะการังที่สวยงาม
--------------------------------------------------------------------------------
อ่าวหวาย อ่าวกิ่ว อ่าวเตย อ่าวเทียน อ่าวไผ่ และอ่าวพร้าว
เป็นจุดที่เหมาะกับการดำน้ำดูปะการังมากที่สุดแห่งหนึ่ง เพราะมีแนวปะการังอยู่ใกล้กับฝั่ง ทุกอ่าวจะมีหาดทรายสวย โดยเฉพาะที่อ่าวกิ่ว
--------------------------------------------------------------------------------
เกาะทะลุ
เกาะทะลุ อยู่ห่างจากเกาะกุฎีไปทางทิศตะวันออกประมาณ 6 กิโลเมตร ลักษณะเด่นของเกาะทะลุอยู่ตรงที่มีความแปลกของธรรมชาติซึ่งเป็นที่มาของชื่อเกาะ โดยบริเวณด้านทิศเหนือจะเป็นแหลมที่มีผาหินคล้ายกับสะพานธรรมชาติ ช่วงกลางจะเป็นช่องกว้างน้ำทะเลลอดทะลุ ด้านทิศตะวันออกและทิศใต้มีหาดทรายขาวบริเวณกว้างอยู่ 2 จุด เหมาะสำหรับการตั้งแค้มป์พักแรม ใต้ท้องทะเลรอบเกาะทะลุ ตะวันออก โดยเฉพาะหน้าหาดทราย ด้านทิศตะวันออกจะมีปะการังขนาดใหญ่เป็นแหล่งดำน้ำลึกและน้ำตื้นอีกแห่งหนึ่ง นอกจากนี้ยังมีนกนางนวลและค้างคาวแม่ไก่อาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก